Romaanin sankaritarina ovat kuusi tytöt-koulutytöt, jotka yhdistävät "Brody-klaani" rakastetun opettajansa, Miss Gene Brodyn tahdolla. Toiminta tapahtuu Edinburghissa 30-luvulla. Miss Brodie johtaa pienten tyttöjen ala-asteen luokkaa kunniallisessa yksityisessä koulussa. Yhdessä historian ensimmäisessä opetuksessa neiti Brody kertoo luennon sijasta traagisen juonteen ensimmäisestä rakkaudestaan - sulhanen kuoli sodassa viikkoa ennen aselepoa -, joka koskettaa tyttöjä kyyneliin. Joten aloittaa luokansa "Totuus, Hyvä ja Kauneus" käyttämällä epätavanomaisimpia menetelmiä. Alentuessaan lasten kasvattamiseen, hän antoi heille omassa suosikkiilmaisussaan "kukoistuksen hedelmät".
Miss Brodie, pääministerinsä ollessa epätavanomaisista menetelmistä huolimatta, ei ollut ollenkaan poikkeuksellinen tapahtuma tai edes aivan hänen mielessään. Hänen ainutlaatuisuutensa muodostui vain siitä, että hän opetti niin konservatiivisessa oppilaitoksessa. Kolmenkymmenenluvulla, kuten Miss Brody, oli legioneita: 30-vuotiaita ja vanhempia naisia, jotka täyttivät köyhän sodankäynnin muinaisen elämänsä voimakkaalla toiminnalla taiteen ja sosiaalisen hyvinvoinnin, valaistumisen ja uskonnon aloilla. Jotkut olivat feministejä ja esittivät edistyneimpiä ideoita, toiset rajoittuivat osallistumiseen naisten komiteoihin ja kirkon kokouksiin. Ensimmäisen luokan naiset eivät kuitenkaan opettaneet tietysti konservatiivisissa kouluissa, missä heillä ei ollut paikkaa. Sitä neiti Brodien kollegat ajattelivat. Mutta Miss Brody, jota ympäröivät valitut oppilaat, Brody-klaani, pysyi saavuttamatta juonittelua. ”Järkymätön, kuin kallio”, ihailen ihailijoita, kun hän ylpeänä kävelee koulukäytävää pitkin tavallisempien kollegoidensa kauhistuttavilla tervehdyksillä.
Neiti Brodie vaikuttaa poikkeukselliselta, ainakin kouluympäristössä. Hän ei ole kaunis ja ole lainkaan nuori, mutta "pääministerinsä" aikana hän kokee aitoa viehätysvoimaa, ja sellaisina hetkinä hän on epätavallisen hyvä. Hän on myös erittäin houkutteleva miehille ja voittaa koulujen kahden ainoan miesopettajan sydämen.
Miss Brodyn kukoistuspäivän jälkeen tapahtuu uskomattoman henkisen evoluution ensimmäiset askeleet, jotka muuttuvat sisäisesti ja ulkoisesti yhtä nopeasti kuin hänen kasvavat oppilaansa. Kun tytöt opiskelevat edelleen hänen valvonnassaan ala-asteilla, neiti Brody muuttaa matematiikan, englannin tai historian oppitunnit erikoisiksi retkiksi ihmiskunnan kaikille alueille, eroottisuudesta fasismiin: intohimoinen taiteellinen luonteensa, joka ei tiedä uskonnollisia kieltoja, palvoo molempia ja välin Giotto ja Mary Stuart.
Vähitellen, itselleen käsittämättömästi, häntä kasvaa riskialtinen usko omaan syntitövyyteen; kukoistuksensa aikana se ylittää kaiken etiikan rajat ja saavuttaa todella järkyttävän moraalittomuuden asteen.
Mutta toistaiseksi sen vaikutus Brody-klaaniin on rajoittamaton. Se koostuu kuudesta tytöstä: Monica Douglas, joka tunnetaan matemaattisista kyvyistään ja villien vihanpurkauksistaan, urheilullinen Eunice Gardner, siro Jenny Gray, hitaasti käyvä Mary McGregor, Sandy Stanger epätavallisen pienillä possuisilla silmillä ja myöhemmin kuuluisa sukupuolen vetoomuksesta Rose Stanley. He kasvavat Miss Brodyn voimakkaan henkisen vaikutuksen alaisena, heidän sisäinen elämänsä on täysin täynnä opettajan havaintojen analyysiä. Kerran retken aikana neiti Brody selittää tytöille, mitä oikeastaan tarkoittaa hänen opettamista. Lapsia kasvattaessaan hän korostaa luonteeltaan heille ominaisia ominaisuuksia, mutta hänen on myös panostettava lapsille vieraisiin tietoihin. Hän vakuuttaa "klaanin", että varttuessaan jokaisen tytön on löydettävä ja ymmärrettävä "kutsumuksensa" löytäessään hänet heistä.
Neiti Brodie on matkalla huippunsa huipulle; tytöt kasvavat ja kehittyvät hänen kanssaan. Hänelle näyttää siltä, ettei kukaan paremmin kuin osaa arvata lasten todellista kutsua, ja hän pyrkii kiihkeästi ohjaamaan tyttöjä ainoalla oikealla tiellä, hänelle näyttää.
Jokainen "Brody-klaani" elää yksilöllisen ja ainutlaatuisen kohtalon, täysin erilainen kuin neiti Brodyn suunnittelemat kutsut. Hänen postuaalinen roolinsa heidän aikuistensa elämässä on paljon hienovaraisempaa ja monimutkaisempaa.
Traagisempaa kuin muu on Mary McGregor, ystävien ja Miss Brodyn vastarinta typerys. Hän kuolee kaksikymmentäkolmessa palavassa hotellissa ja päättää juuri ennen kuolemaansa surullisessa tilanteessa, että lyhyen elämänsä onnellisimmat hetket olivat ne, jotka hän vietti Miss Brodyn ja hänen klaaninsa seurassa, vaikkakin hitaasti ajattelevalla pohjalla. Kaikki tytöt pettivät omalla tavallaan neiti Brodyn ihanteita. Pian ennen kuolemaa syöpään heidän mentorinsa selviytyi lopulta koulusta salaisuudessa, että saarnataan lapsille fasismia. Itse asiassa neiti Brodie ihaili melkein naiivasti fasismin maiden järjestystä ja kurinalaisuutta samoin kuin monumentteja ja suihkulähteitä. Ja nyt Sandman Stanger, hänen luottamuksensa jo jo valmistumisen kynnyksellä, kehottaa johtajaa, Miss Brodyn pääasiallista huonoa viisautta, etsimään vikaa poliittisissa vakaumuksissa ja pakottamaan Miss Brodyn eroamaan. Sandy kulkee vaikeimmalla ja ristiriitaisimmalla tavalla. Hänen pettäminen johtaa luottamukseen siihen, että neiti Brodyn toiminta on viime kädessä haitallinen hänen suosikkeilleen. Tosiasia, että neiti Brody rakastuu piirustusopettajaan, Teddy Lloydiin, joka on suuri katolinen. Huomaamatta, että tämä rakkaus ei ole toteutettavissa, hän, kuin itsestään huolimatta, tulee suhteisiin musiikinopettajan Gordon Loiterin kanssa. Teddyä rakastaen hän uskoo kuitenkin, että yhden tytöistä tulisi korvata hänet ja tulla hänen emäntänsä. Hän laittaa sydämensä ja sielunsa tähän villiin suunnitelmaan, jonka mukaan tyttöjen naisimmillisen Rose Stanleyn tulisi antaa antautua taiteilijalle. Rose on kuitenkin täysin välinpitämätön Teddylle, ja Sandystä tulee hänen emäntänsä. Samaan aikaan Miss Brody oli ja on edelleen taiteilijan todellinen museo, ja hämmästyneenä Sandy näkee, että missään "klaanin" tytöstä Teddy piirtää, Miss Brodyn piirteet näkyvät hänessä aina. Psykologin kylmää analysoivista mieliä omaava Sandy ei voi hyväksyä ”hauskan vanhan palvelijan” salaperäisen ja voimakkaan vaikutuksen salaperäisyyttä ympäröiviin ihmisiin. Pian käy ilmi, että yksi neiti Brodien faneista, joka ei kuulu "klaaniin", suostuu kiihtyneisyyteen ja pakenee Espanjaan taistelemaan fasistisen Francon puolella. Hän kuolee matkalla junassa. Sitten kauhistuneena Sandy antaa Miss Brodylle ohjaaja, ja hän vihjelee Miss Brodylle. Ajatus pettämisestä heikentää miss Brodyn halutonta henkeä. Kuolemaansa asti hän ei lakkaa kiusaamasta itseään ja muita hedelmättömällä keinottelulla. Itse asiassa Sandylle näyttää siltä, että koko "klaani" petti Miss Brodyn luopuvansa "kutsuista". Neiti Brody näki tytöissään ”vaiston ja oivalluksen”, joka ansaitsee täyden ja vilkkaan elämän. Petos, Sandy lähtee luostariin, missä hän on onneton ja pettynyt. Rose Stanleystä tulee hyveellinen vaimo, vaikka hänellä on uusi Venus, ”suuri rakastaja”, Miss Brody mukaan. Mutta he kaikki tuntevat pettäneensä itsensä.
Vuosien ystävyydestä miss Brodyn kanssa, he ovat niin uskovaisia hänen uskoonsa, että he saavat sisäisen henkisen samankaltaisuuden hänen kanssaan, jonka taiteilija Teddy Lloyd oikein tarttui maalauksiinsa.