Toiminta tapahtuu Moskovassa vuonna 1584 ja aloittaa riidan Boyar-duumassa: Tsarina Maria Fyodorovnan veli Mihhail Nagoy puolustaa paikkaa Saltykovin kanssa ja vetää loput bojarit swaraan. Ensimmäisen tsaarin vaimon veli Zakharyin-Yuriev katkaisee riidat puhumalla heidän tapauksensa keruun tärkeydestä: John, jota poika murheessaan kidutettiin, päätti ryhtyä luostaritarkoitukseen ja kehotti duuman valitsemaan seuraajan. Samaan aikaan "viholliset taistelevat Venäjää kaikista puolista", siinä on rutto ja nälänhätä. Prinssi Mstislavsky puhuu kuninkaan kovuudesta päätöksessään. Nagoya tarjoaa nuorelle Dmitri Tsarevitšille kuningatar ja tarvittaessa ”hallitsijan”, jonka hän on valmis olemaan; Sitsky - Zakharyin, joka ei ole värjänyt itseään mistään. Zakharyin puhuu Ivan Petrovich Shuiskyn puolesta, joka istuu nyt piiritetyssä Pihkovassa.
Kuninkaata tarvitaan kuitenkin heti. Zakharyin pyytää neuvoja Godunovalta, joka ei asettunut paikkoihin ja joka istui vaatimattomasti alla. Hän kuvasi yksityiskohtaisesti valtion katkaisematonta asemaa, puhuu siitä, ettei ole mahdollista muuttaa kuningasta sellaiseen aikaan, ja kehottaa velhoja pyytämään Johnia pysymään valtaistuimella. Sitsky muistaa tsaarin julmuudet yrittää turhaan lopettaa bojarit. He menevät tsaarin luokse ja päättävät matkan varrella, kuka puhuu, ja arka suvereeni viha. Godunov ottaa riskin. John, jo pukeutunut mustaan cassockiin, irrotettuaan Monomakhin hatun, odottaa sänkykaapissa bojareiden päätöstä ja valittaa viimeisen roistokuvan muistamisesta. Pihkovasta saapuu lähettiläs, jolle tsaari aluksi viittaa ”uuteen herraan”, mutta kuultuaan uutisten olevan iloisia, hän kuulee tarinan hyökkäysten heijastuksesta ja Baturin vetäytymisestä Pihkovasta. Hän saa Kurbskysta kirjeen, jossa hän valittaa tsaaria hankalilla tavuilla, uhkaa Pihkovan nopeaan sieppaamiseen, monet Johanneksen julmuuksista kutsuvat hänen nykyisten tappioidensa syytä ja muistuttavat myrkyllisesti hänen poistumistaan liiketoiminnasta. John on raivoissaan, koska hän on tuhonnut kaikki Kurbskin sukulaiset, hän on voimaton ottamaan kurjuuden kenellekään. Bojarit tulevat, joita kuningas kohtaa suuressa ärsytyksessä. Kuultuaan lyhyen Godunovin puheen, hän asettaa Monomakhovin hatun, nuhtelee bojareita, jotka pakottivat hänet tekemään niin, ja suutelee Godunovia, joka piti rohkeita ja epämääräisiä puheita "valtion hyväksi". Sitskyn poissaolo ei jää huomaamatta, ja tsaari, joka ei halua kuunnella välittäjiä, määrää teloituksen.
Tsaarin kammioissa Godunov ja Zakharyin odottavat Johnia, ja Godunov sanoo, että kuningas, joka haluaa erottaa kuningattaren, viettää Englannin kuningattaren veljentytär. Järkyttynyt Zakharyin kysyy, kuinka Godunov yritti syrjäyttää Johnin, ja saa vastauksen, että hän voi vaikuttaa Johniin vain pyöreällä tavalla. John saapuu ja raportoi Puolan joukkojen mellakoista Pskovan lähellä ja Varsovan suurlähettilään odotuksesta, joka lähetetään hänen mielestään pyytämään rauhaa. Hän määrää Zakharyinin ilmoittamaan ihmisille tämän viestin. Hän kehottaa Godunovia keskustelemaan Englannin suurlähettilään kanssa tulevan avioliiton ehdoista. Hän yrittää puuttua kuningattareen ja saa vihaisen nuhteen täynnä uhkia. Yksin jätettynä Godunov valittaa itseään osoitetusta ystävällisyydestä ja kieltäytyy pitämästä omatuntoa mieluummin kuin asian syy. Vasily Ivanovich Shuiskyn talossa bojarit Mstislavsky, Belsky ja Nagoy-veljet pyrkivät tuhoamaan Godunovin. He päättävät ihmisten ärsytystä käyttämällä syyttää kaikki Godunovin ongelmat, ja Shuisky tarjoaa Mihhail Bityagovskylle suunnitelman täyttämisen. Hän sitoutuu kapinoimaan ihmisiä ja yllyttämään häntä tappamaan. Belsky ehdottaa lähettävän Prokofy Kikinille saman. Godunov tulee. Vieraat hajoavat kiireellisesti. Godunov valittaa Shuiskylle, ettei häntä rakasteta duumassa. Shuisky vakuuttaa hänelle aikomuksestaan ja tuestaan ja lähtee, tsaarin yhtäkkiä kutsuun. Bityagovskyn kanssa yksin jätetty Godunov havaitsee täydellisen tuttavuutensa aikomuksistaan ja uhkaaen häntä ennennäkemättömillä teloituksilla, lähettää hänet samoille ruuduille vakuuttamaan kansan Shuiskyä ja Belskyä vastaan, jotka haluavat myrkyttää kuninkaan myrkkyllä.
Samaan aikaan tsaari ei määrää tsarevitšin äitiä antamaan kenellekään muulle tulla luokseen, ja etenkin Godunoviin, hän luottaa vain Nikita Romanovitš Zakharyiniin. Zakharyin tulee. Kuningatar kertoi hänelle palatsissa käydyistä huhusta ja kysyi, pitävätkö hänen epäilyt totta, että kuningas haluaa jättää hänet Demetriuksen kanssa. Zakharyin pyytää häntä olemaan valmiina kaikkeen, tsaari ei väittämään ja luottamaan Godunoviin. John tulee Godunovin kanssa ja odottaa kuningattaren pukeutumista, kuuntelee Englannin suurlähettilään olosuhteita ja kysyy puolalaisilta, jotka saapuivat Garaburdin jälkeen, miettivät, mitä maata Puola lupaa rauhalle, eikä halua kuunnella pelkoja tämän suurlähetystön tarkoituksesta. Dimitri lupasi tuhota UGLICHin perinnön ja kuultuaan Zakharyinin väliintuloa uhkaa häntä teloituksella. Valtaistuimkammiossa John vastaanottaa Puolan suurlähettilään Garaburdassa. Baturin vaatimukset ovat niin nöyryyttäviä (viedä Smolensk, Polock, Novgorod ja Pskov pois Liivin rykmentistä ja antaa Puola Puolaan), että tsaari kaatuu raivoon ja kuultuaan Puolan kuninkaan kutsun taistelulajeihin aikoo metsästää lähettiläänsä koirien kanssa ja heittää hänet kirves. Garaburda toteaa, että John ei tiedä uutisia venäläisten rykmentien murskaamisesta rajalla, siitä, että ruotsalaiset ottavat Narovan ja heidän yhteiskampanjansa Baturin kanssa Novgorodissa, ja lupasivat Johnille tapaamisen kuninkaan kanssa Moskovassa, lähtevät. Sisään käynyt Godunov vahvistaa kaikki Garaburdan viestit, mutta tsaari käski ripustaa väärät sanansaattajat ja palvella voittajarukouksia kaikissa kirkoissa.
Zamoskvorechye-aukiolla väkijoukko on huolissaan varaston edessä, järkyttyneenä leivän hinnasta, haastemiehet ottavat lahjuksia ja siitä, että kuningas ei teloita rikoksentekijöitä. Kikin ilmestyy muukalaisena pukeutuneena syyttäen Godunovia ja viittaa Jumalan merkkiin, "veriseen, pyrstöiseen tähtiin". Hän sanoo nähneensä Kiovassa ihmeen: Sophian ristin tulessa ja äänen, joka vaati Godunovin nousua .. Kuullaan ääniä Godunovin puolustamiseksi, ääniä, jotka vaativat puolustajien lyömistä, ja lopulta Bityagovskin ääni, joka on avoinna kaptanissa poistetun kappaleen kanssa huulillaan. Hän sanoo, että Shuisky ja Belsky aikoivat myrkyttää kuninkaan, mutta Godunov heitti myrkytyn kakun koiralle. Kun Bityagovsky hämmentyy ihmettä nähneelle vaeltajalle, hän soittaa hänelle nimeltä ja sanoo, että hänet lähetettiin tarkoituksella. Grigory Godunov ilmestyy ilmoittaen, että Boris Godunov ostaa kaikki tarvikkeet omasta kassaansa ja jakaa ne huomenna käteisellä. Ihmiset ryntäävät Kikiniin. Kuninkaallisissa tiloissa kuningatar, Godunovin sisko, Irina ja hänen vaimonsa Maria, katsovat komeetta. Kuningas katselee häntä kuistilta. Viisaat miehet ja velhot saatiin selvittämään komeetta. John ilmestyy ja ilmoittaa ymmärtäneen merkin: komeetta ilmoittaa kuolemansa. Hän pyytää anteeksiantoa kuningattarelta ja haluaa tietää tarkalleen kuoleman ajan, jotta ei kuole ilman katumusta, ja kutsuu magia. He kutsuvat Kirillin-päivää. Tsaari Godunovin pyynnöstä hän lukee synodian, jossa hänen uhrinsa luetellaan, John täydentää luetteloa. Alustaja saapuu Slobodasta viestillä, että talvipäivänä palatsi palasi salamanisku. Shaken, John pyytää kaikilta anteeksiantoa, rukoilee intohimoisesti ja kysyy Fedorilta, kuinka hän aikoo hallita, mutta Fedor pyytää asettamaan jonkun muun valtakuntaan. He tuovat kaksi kirjettä: Khanin lähestymisestä Moskovaan ja kansannoususta Kazanin ympärillä. He tuovat schemnikin, joka on asunut yksinäisyydessä kolmekymmentä vuotta. Hänen kanssaan yksin jätetty John puhuu Venäjän onnettomuuksista ja pyytää neuvoja. Kaavio kutsuu monia ihmisiä, jotka kestävät vihollisen - kuningas tuhoaa heidät kaikki. Hän puhuu prinssistä, mutta prinssi on kuollut. Johtaessaan suunnittelijaa, John pakottaa Mstislavskin, Belskin, Zakharyinin ja Godunovin bojarit suudella ristiä palvelemaan Fedoria, ja viides nimittää Ivan Petrovitš Shuiskyn, jos hän selviää Pihkovan lähellä. Hän lähettää Liettuan-suurlähettiläitä tekemään rauhan Baturin kanssa kaikkein nöyryyttävimmissä olosuhteissa uskoen, että kuolemansa jälkeen Batur vaatii vielä enemmän, ja toivoen kuulumattomalla nöyryytyksellä sovittaakseen syntit.
Cyrilissä kuninkaan päivä on parempi. Godunov soittaa noita salaa, ja he sanovat, että päivä ei ole vielä ohitse. Godunovin ennustetaan kuninkaallisella valtaistuimella. Kolme tähteä, jotka erottavat hänet tähden suuruudesta, ja hänen tärkeimmän salaperäisen vastustajansa muistetaan ("heikko, mutta voimakas - viaton, mutta syyllinen - ei itse"), "tapettu, mutta elossa". Dr. Jacobi saapuu vastaamalla Godunoviin, että tsaaria on suojattava ärsytykseltä, ja tätä Belskyä kutsuttiin puhveliksi. Godunov hyväksyy Bityagovskyn ja saa selville, että kansa on surkeutunut Shuiskyä ja Belskyä vastaan. Samaan aikaan John tutkii aarteita etsimällä lahjoja Englannin kuningattarelle ja morsiamenelle, jesteri pyörii lähellä kuningasta, naapurikammioissa olevat buffonit odottavat merkkiä. Seuraavana päivänä tsaari nimittää maagien teloituksen ja lähettää Boriksen ilmoittamaan siitä heille. Hän on voitollinen, mutta epäilyttävä ja alttiita ärsytykselle; Istutuaan shakkia Belskyn kanssa pudottaa kuninkaan. Godunov palaa takaisin ja johdannut kuninkaan vimmaan merkityksellisellä hiljaisuudella, ilmoittaa maagien vastauksen, että heidän tiede on luotettava ja että Kirillin ei ole vielä kulunut. Vihaisesti John kutsuu Godunovia petturiksi, syytti häntä elämässyrityksestä, kutsuu teloittajat ja kaatuu. Yleinen sekavuus. Kuningas kutsuu tunnustajan, bojat - lääkärit, ajavat virheellisesti buffoneja. John kuolee. Aukion ihmiset huutavat, että Shuisky ja Belsky ajoivat kuningasta, ja hämmentynyt Fedor uskoi selitykset Godunoville. Godunov lähettää bojarit maanpakoon, Mstislavskyn, jonka Bityagovsky syyttää levottomuudesta Nagyin ohella luostariin, Nagih - UGLICHiin yhdessä Tsaritsan ja Demetriuksen kanssa. Fedor nyökkää ja halaa Godunovia. Aukion ihmiset kiittävät molempia.