Näytelmän tapahtumat järjestetään Egyptissä, Alexandrian kaupungissa, XIII-dynastian hallituskauden lopulla, vuonna 48 eKr. Caesarin legioonat saapuvat Egyptiin. Kaupunki on paniikissa. Kuningatar Cleopatra, kuusitoistavuotias tyttö, katosi. He eivät löydä häntä mistään.
Tällä hetkellä yksin autiomaassa oleva Julius Caesar ohittaa pienen kopion Sfinxistä ja näkee Cleopatran nukkuvan kivipatsaan rinnassa. Hän herää, sanoo olevansa Egyptin kuningatar ja kutsuu keisarin, jota hän kutsuu "vanhaksi mieheksi", kiipeämään hänen luokseen ja piiloutumaan myös roomalaisilta. Cleopatra pelkää hulluksi heitä. Caesar myöntää olevansa roomalainen ja sanoo, että jos tyttö tekee kaiken kuten hän sanoo, Caesar ei loukkaa häntä. Cleopatra lupaa tulla orjakseen ja totella häntä kaikessa. Sitten he varmasti kulkevat tiensä läpi aavikon palatsiin.
Cleopatra on erittäin arka palatsissa. Hän pelkää antaa käskyjä orjalle, vapisee lastenhoitajansa Ftatatitan edessä. Caesar opettaa häntä käyttäytymään kuninkaallisesti, käskemään ja pakottamaan itsensä tottelemaan. Cleopatra saa makua ja haaveilee jo siitä, kuinka hän “ruokkii” orjaansa myrkkyllä ja heittää Niilin halki krokotiilien repimäksi. Caesar pyytää häntä olemaan karkotettu. Hän pelkää kuitenkin kuitenkin edelleen Caesaria. Kun roomalaiset sotilaat saapuvat palatsiin ja tervehtivät hänen vieressään olevaa henkilöä sanoilla: "Kunnia keisarille!", Cleopatra saa yhtäkkiä heidän kohtaansa, ja helpotuksella, nyökkäämällä, hän joutuu käsiinsä.
Tsaari Ptolemaios Dionysus (kymmenvuotias poika, Kleopatran veli ja hänen kilpailijansa) ja hänen holhoojansa Potin saapuvat palatsin alahuoneeseen. Heidät seuraavat kuninkaan mentori Theodotus, Achilles, hänen armeijansa johtaja ja tuomioistuimet. Ptolemaios yrittää Potinin kehotuksena ilmaista tyytymättömyytensä Caesarin hyökkäykseen ja Cleopatran käyttäytymiseen. Caesar saapuu huoneeseen, mukana roomalainen upseeri Ruthius ja hänen sihteerinsä, brittiläinen, brittiläinen kansallisuus, joka on pukeutunut siniseen. Caesar ei ole taipuvainen vuodattamaan verta Egyptissä, mutta hän vaatii, että hänelle maksetaan osa summasta, joka Egyptin tulisi antaa Roomassa Caesarin ja entisen Egyptin kuninkaan välisen vanhan sopimuksen mukaisesti siitä, että keisari kerran auttoi valtaistuimen palauttamisessa. Cleopatra, joka päätti toimia kuin kuningatar, juoksee veljensä luo, vetää hänet valtaistuimelta ja istuu itse hänen tilalleen. Pojan kurituksen koskettama keisari rauhoittaa häntä varovasti.
Egyptin tuomarit ja armeijan johtajat vaativat Caesaria poistumaan maastaan, mutta hän vastaa, että tekee tämän vasta kun Cleopatra tulee kuningattareksi. Hän salli kaikkien egyptiläisten jäädä eläkkeelle seuralaistensa suuressa nöyryytyksessä ja varoittaa, että hän ei voi pitkään aikaa hillitä Ruthia ja hänen sotilaitaan, ja niitä, jotka haluavat napata miekkoja vaipastaan. Potin valittaa katkerasti Rooman oikeudenmukaisuutta, roomalaisten kiitollisuuden puuttumista. Caesar on tappiollinen. Hän ei ymmärrä, mikä on vaakalaudalla. Sitten Potin pyytää Lucius Septimiusta lähtemään, joka sanoo tappaneensa republikaanien Pompeyn, joka halusi kukistaa keisarin. Caesar on hämmästynyt, hän on kauhistunut Lucius Septimiuksen rikoksesta.
Egyptiläiset lähtevät. Caesar pysyy Cleopatran kanssa, joka moitti häntä liiallisella herkkyydellä. Hän kertoi hänelle myös kuinka hänen isänsä onnistui takaisin valtaistuimelle. Ja häntä auttoi kaunis nuori mies, joka saapui Roomasta monien ratsumiesten kanssa. Sitten Cleopatra oli vain kaksitoista vuotta vanha, hän rakastui tähän nuoreen mieheen. Hän on hyvin yllättynyt, kun Caesar kertoo meille, että juuri hän lähetti Mark Anthonyn auttamaan isäänsä. Caesar lupaa hänelle, että jos hän niin haluaa, hän lähettää sen hänelle.
Caesar käski Ruthiusia polttamaan useita Rooman aluksia, jotka seisovat länsisatamassa, ja ottamaan kaikki itäsatamassa seisovat veneet itse ja vangitsemaan Faroksen, saaren, jossa on majakka. Potin tulee Caesarin luo ja aikoo ilmaista hänelle egyptiläisten vaatimukset. Tällä kertaa Caesar vangitsee hänet. Sitten Theodotus ajaa sisään ja on erittäin jännittävässä raportissa, että roomalaisten alusten tulipalo levisi Aleksandrian kirjastoon, Egyptin sivilisaation pyhien kirkkoihin. Caesar kehottaa häntä kutsumaan apua Akillesin ja hänen armeijansa tulen sammuttamiseen. (Joten hän aikoo ohjata Achilleuksen huomion roomalaisten vangitsemasta Faros-saaren.) Caesar asettaa panssarinsa ja lähtee osallistumaan Faroksen vangitsemiseen. Cleopatra kehottaa häntä olemaan varovainen.
Caesarin lähdettyä penkerelle, jossa roomalaiset vartijat seisovat, ilmestyy sisilialainen, patricialainen, taidetta rakastava Apollodorus. Hän tuo palatsiin persialaisia mattoja, jotka haluavat Cleopatran valitsevan niistä jotkut. Kuningatar itse juoksee palatsista. Hän haluaa päästä heti veneeseen ja purjehtia Caesarille. Vartija ei kuitenkaan salli hänen tehdä tätä. Tämä on vastoin Caesarin käskyä. Sitten Cleopatra pyytää Apollodorusia veneellä toimittamaan Caesarille kauniin persialaisen maton lahjakseen häneltä ja saadakseen luvan purjehtia saarelle hänelle. Hän juoksee hakemaan mattoa. Pian viejät kantavat lahjan palatsista, laittavat sen veneelle ja Apollodorus purjehti rannalta. Kun vene on jo kaukana vartijasta, Ftatitita ilmoittaa sarkastisesti hänelle, että hän menetti Cleopatran, koska hän kuitenkin pääsi veneeseen käärittynä matolle.
Vene purjehtii saarta kohti. Tällä hetkellä joku heittää raskaan pussin veteen, veneen nenä murtuu ja se uppoaa. Apollodorus tuskin onnistuu pääsemään matolle vedestä. Kun Caesar, britti ja Rufius tarkkailivat innostuneesti Apollodorusia ja hänen taakkaaan, egyptiläiset laskeutuivat rannalle. Roomalaiset ja Cleopatra voivat vain uida. Caesar ui kantaen Cleopatraa selällään. Pian vene lähestyy heitä ja he siirtyvät alukselle.
Seuraavat tapahtumat alkavat maaliskuussa 47, eli kuusi kuukautta alkuperäisten tapahtumien jälkeen. Potin, jota Caesar pitää yhä vangittuna ja asuu palatsissa, etsii yleisöä Cleopatran kanssa. Tämän aikana hän käyttäytyy alistuvasti ja kunnioittavasti, yrittää joskus asettaa kuningattaren keisariin, mutta Cleopatra ajaa hänet pois. Hän menee keisarin luo ja haluaa palauttaa hänet innokkaasti Kleopatraa vastaan, mutta hänellä ei ole aikaa siihen, koska kuningatar itse saapuu menemään ruokailemaan keisarin, Apollodoruksen ja Rutiusin kanssa. Caesar pyytää Potinia sanomaan, mitä hän halusi sanoa, tai poistua, koska se antaa hänelle vapauden. Potin alkaa hämmennyksen jälkeen inspiroida häntä siitä, että Cleopatra haluaa hallita Egyptiä yksin ja odottaa koko sydämeltään lähtöä. Cleopatra väittää nöyrästi, että tämä on valhe. Caesar kuitenkin toteaa, että vaikka tämä olisi niin, se olisi aivan luonnollista. Hän pyytää Potinia lähtemään ja toistaa olevansa vapaa. Cleopatra kiehuu vihaisesti ja käskee hiljaa Ftatiten tappamaan Potinin ennen kuin hän lähtee palatsista. Lounaalla kaikki kuulevat yhtäkkiä huudon ja kehon äänen putoamisen. Lucius Septimius saapuu sisään ja ilmoittaa keisarille, että Potin tapettiin ja kaupunki meni hulluksi, koska Potin oli kaupunkien suosikki. Cleopatra tunnustaa, että hän käski tappaa Potinin hänen loukkauksestaan. Rufius ja Apollodorus hyväksyvät hänen tekonsa. Caesar sanoo kuitenkin, että nyt hän ei pysty suojelemaan kuningattaren elämää vihaisilta egyptiläisiltä. Lucius Septimius rauhoittaa häntä. Hän kertoi, että roomalaiset saapuivat vahvisteisiin - Pergamonin Mithridate-armeijaan. Caesar menee tapaamaan Mithridates. Ennen lähtöä Ruthius puukottaa hiljaa Ftatatitaa kuin villi tiikeri, joka voi hyökätä milloin tahansa, kun hän myöhemmin selittää teonsa keisarille. Hän hyväksyy hänet. Rooman joukot murskaavat egyptiläiset, kuningas Ptolemaios hukkuu jokeen ja Cleopatrasta tulee suvereeni hallitsija.
Caesar valmistautuu purjehtimaan Roomaan. Ennen lähtöään Egyptistä hän jättää Rufiusin kuvernööriksi. Cleopatraan hän toistaa lupauksensa lähettää Mark Anthony.