Juuri tämä 1700-luvun kirjallisuudelle tyypillinen tyylilaji, jonka Goethe valitsee teokselleen, toiminta tapahtuu yhdessä pienessä saksalaisessa kaupungissa 1800-luvun lopulla. Romaani koostuu kahdesta osasta - nämä ovat itse Wertherin kirjeet ja lisäykset niihin otsikolla "Kustantajalta lukijalle". Wertherin kirjeet on osoitettu hänen ystävälleen Wilhelmille, joissa kirjoittaja pyrkii paitsi kuvaamaan elämän tapahtumia, myös välittämään hänen tunteensa, joita ympäröivä maailma herättää.
Werther, köyhiä perheitä edustava nuori mies, koulutettu, maalaamiseen ja runouttamiseen, asettuu pieneen kaupunkiin yksinäiseksi. Hän nauttii luonnosta, kommunikoi tavallisten ihmisten kanssa, lukee rakkaansa Homeroaan, piirtää. Nuorten kaupunkien ulkopuolella järjestetyssä ballissa hän tapaa Charlotte S.: n ja rakastuu häneen ilman muistoa. Lotta, tytön läheisten ystävien nimi, on ruhtinaskunnan amtmanin vanhin tytär. Kaiken kaikkiaan heidän perheessään on yhdeksän lasta. Heidän äitinsä kuoli, ja Charlotte onnistui nuoruudestaan huolimatta korvaamaan hänet veljillä ja siskoilla. Hän ei ole vain ulkoisesti houkutteleva, vaan hänellä on myös riippumattomia arviointeja. Jo ensimmäisenä päivänä, kun Werther tapasi Lottaa, paljastuu makujen sattuma, he ymmärtävät helposti toisiaan.
Siitä lähtien nuori mies viettää suurimman osan ajastaan päivittäin amtmanin talossa, joka on tunnin kävelymatkan päässä kaupungista. Yhdessä Lotan kanssa hän vierailee sairaan pastorin parissa, menee hoitamaan sairasta naista kaupungissa. Jokainen hänen läheisyydessä vietetty minuutti antaa Wertherille nautinnon. Mutta nuoren miehen rakkaus on tuomittu kärsimään alusta alkaen, koska Lotalla on sulhanen, Albert, joka meni hankkimaan vankka työ.
Albert saapuu, ja vaikka hän kohtelee Wertheriä lämpimästi ja hienovaraisesti, piilottaa hänen tunteensa ilmenemismuodot Lottea kohtaan, rakastunut nuori mies on kateellinen hänelle. Albert on hillitty, kohtuullinen, hän pitää Wertheriä erinomaisena ihmisenä ja antaa hänelle anteeksiannon levottomasta asenteestaan. Wertherillä on vaikeaa olla kolmas henkilö läsnäolossa Charlotten kanssa, hän kuuluu hillitsemättömiin hauskoihin, sitten synkiin tunnelmiin.
Kerran, saadakseen vähän häirintää, Werther menee syrjään vuorille ja pyytää Albertia lainaamaan hänelle pistoolit matkalla. Albert on samaa mieltä, mutta varoittaa, ettei heitä veloiteta. Werther ottaa yhden aseen ja asettaa sen otsaansa. Tämä vaaraton vitsi muuttuu vakavaksi keskusteluksi nuorten välillä miehestä, hänen intohimoistaan ja mielestään. Werther kertoo tytöstä, jonka tyttö hylkäsi rakastajansa ja ryntäsi jokeen, koska ilman häntä elämä on menettänyt kaiken merkityksen. Albert pitää tätä tekoa "tyhmänä", hän tuomitsee ihmisen, joka intohimojensa kautta menettää kykynsä järkeä. Werther päinvastoin kieltäytyy liiallisesta rationaalisuudesta.
Syntymäpäiväänsä Werther saa lahjan Albertilta lahjaksi: hänellä on jousi Lotan mekosta, jossa hän näki hänet ensimmäistä kertaa. Nuori mies kärsii, hän ymmärtää, että hänen on aloitettava liiketoimintaa, lähdettävä, mutta hän lykkää aina eronhetken. Lähtöaattona hän tulee Lottelle. He menevät suosikki lehtimajaan puutarhaan. Werther ei sano mitään tulevasta erottelusta, mutta tyttö, joka ennakoi häntä, aloittaa keskustelun kuolemasta ja siitä, mitä seuraa. Hän muistelee äitinsä viimeisiä minuutteja ennen hajoamista hänen kanssaan. Tarinaansa innostunut Werther kuitenkin löytää voimaa lähteä Lotasta.
Nuori mies lähtee toiseen kaupunkiin, hänestä tulee virkaa virkaaja. Messenger on nirso, pedantinen ja tyhmä, mutta Werther ystävystyi kreivi kreivin kanssa ja yritti kirkastaa yksinäisyyttään keskusteluissa hänen kanssaan. Tässä kaupungissa, kuten käy ilmi, omaisuuden ennakkoluulot ovat erittäin vahvat, ja nuori mies on jatkuvasti osoittanut alkuperästään.
Werther tapaa tytön B., joka epämääräisesti muistuttaa vertaansa vailla olevaa Charlottetta. Hän puhuu hänen kanssaan usein aiemmasta elämästään, mukaan lukien kertoa hänelle Lottesta. Ympäröivä yhteiskunta ärsyttää Wertheriä, ja hänen suhteen lähettilään kanssa heikkenee. Asia päättyy siihen, että lähettiläs valittaa hänestä ministerille, samoin kuin herkkä henkilö, kirjoittaa nuorelle miehelle kirjeen, jossa hän julistaa hänet liian arkaluontoiseksi ja yrittää lähettää ekstravagantteja ideoitaan siihen suuntaan, missä he löytävät oikean sovelluksen.
Werther on sovittu hetkeksi asemaansa, mutta on olemassa "haitta", joka pakottaa hänet poistumaan palvelusta ja kaupungista. Hän oli vierailulla kreivi von K.: n kanssa, hän nousi istumaan, jolloin vieraat alkoivat kerätä. Kaupungissa ei kuitenkaan ollut tapana, että alaluokan mies esiintyisi jaloissa yhteiskunnissa. Werther ei huomannut heti mitä tapahtui, nähtyään tutun tytön B. hän puhui hänen kanssaan, ja vasta kun kaikki alkoivat rypätä häneen, ja hänen keskustelukumppaninsa tuskin pystyivät jatkamaan keskustelua, nuori mies lähtivät kiireesti. Seuraavana päivänä juorut levisivät ympäri kaupunkia siitä, että kreivi von K. oli potkinut Wertherin talostaan. Koska nuori mies ei halua odottaa, kun häntä pyydetään poistumaan palvelusta, hän jättää eroamiskirjeen ja lähtee.
Ensin Werther matkustaa kotimaahansa ja hemmottelee suloisia lapsuuden muistoja, sitten hän hyväksyy prinssin kutsun ja menee omaisuuteensa, mutta täällä hän tuntee olevansa paikallaan. Viimeinkin, kun hän ei enää kestä erottelua, hän palaa kaupunkiin, jossa Charlotte asuu. Tänä aikana hänestä tuli Albertin vaimo. Nuoret ovat onnellinen. Wertherin ulkonäkö edistää heidän perhe-elämäänsä. Lotte on myötätuntoinen rakastuneelle nuorelle miehelle, mutta hän ei pysty näkemään hänen kidutustaan. Werther kiirehtii, hän haaveilee usein nukahtamisesta eikä enää heräämisestä tai haluaa tehdä synnin ja sovittaa sen.
Kerran kävellessään kaupungin laitamilla Werther tapaa hullu Henryn, kerääen kukkakimpun rakkaalleen. Myöhemmin hän tietää, että Henry oli kirjuri Lotten isän kanssa, rakastui tyttöyn ja rakkaus ajautti hänet hulluksi. Wertherin mielestä Lotta-kuva kummittelee häntä eikä hänellä ole tarpeeksi voimaa kärsimyksen lopettamiseksi. Tämän perusteella nuoren miehen kirjeet hajoavat, ja saamme oppia hänen tulevaisuuden kohtalostaan kustantajalta.
Rakkaus Lottea vastaan tekee Wertheristä sietämätöntä muille. Toisaalta päätös poistua maailmasta vahvistuu yhä enemmän nuoren miehen sielussa, koska hän ei yksinkertaisesti voi jättää rakkaansa. Kun hän löytää Lotta: n selvittävän lahjoja perheelleen jouluaattona. Hän kääntyy hänen puoleensa tullakseen seuraavan kerran heidän luokseen aikaisintaan kuin jouluaattona. Wertherille tämä tarkoittaa, että hänellä ei ole elämän viimeistä iloa. Siitä huolimatta seuraavana päivänä hän lähtee edelleen Charlottelle, he lukevat yhdessä otteen Wertherin käännöksestä Ossianin kappaleista. Epämääräisissä tunneissa nuori mies menettää hallinnan itsessään ja lähestyy Lottetta, jonka vuoksi hän pyytää häntä jättämään hänet.
Palattuaan kotiin Werther siivoo asiat, kirjoittaa jäähyväiset kirjeen rakastajalleen, lähettää palvelijan muistiinpanon Albertille pistooleista. Tarkalleen keskiyöllä Wertherin huoneessa kuuluu laukaus. Aamulla palvelija löytää nuoren miehen, joka hengittää edelleen, lattialle, parantaja saapuu, mutta on liian myöhäistä. Albert ja Lotta ovat huolissaan Wertherin kuolemasta. He hautaavat hänet lähellä kaupunkia, paikkaan, jonka hän valitsi itselleen.
