: Louvren työntekijän murhan tutkinta paljastaa monia Mary Magdaleenaseen liittyviä salaisuuksia.
Myöhemmin Louvressa murhattiin kuraattori Jacques Sauniere, jonka ruumiin vääristävät omituiset merkit. Poliisin mielestä uhri tappoi itsensä niin. Hänen tappaja Silas kutsuu tietyn Opettajan ja ilmoittaa, että ne neljä ihmistä, jotka kertoivat hänelle samat tiedot ennen hänen kuolemaansa, poistettiin. Tietty veljeys loi kulmakiviä, johon se on koodattu merkkeillä, missä tämän veljeyden salaisuus pidetään. Kaikki neljä tapettua osoittivat, että kortti on Pariisin kirkossa Saint-Sulpice. Opettajan on kiireesti saatava tämä kortti.
Poliisi etsii apua Robert Langdonilta, joka on uskonnollisen symbolismin professori Harvardin yliopistossa. Eikä tiennyt Langdonia aikaisemmin, Sauniere teki tapaamisen professorin kanssa, joka oli saapunut Pariisiin edellisenä päivänä.
Piispa Aringarosa, Opus Dein veljeskunnan isäpuheenjohtaja, lentää New Yorkista Roomaan. Äskettäin erityinen ryhmä on seurannut veljeyttä, koska jotkut sen jäsenistä ovat nähneet mielenosoituksia, mutta veljeys on Vatikaanin alaisuudessa. Äskettäin jotkut veljeyden jäsenet ovat hyökänneet. Aringarosa vastaanottaa uutisen Silasin löytämästä kulmakivestä.
Langdon tuodaan Louvreen rikospaikalle. Poliisin mukaan Sauniere oli toimistossaan hyökkäyksen yhteydessä. Hän juoksi galleriaan ja kytkei hälytyksen päälle repimällä kuvan seinältä. Gallerian sisäänkäynti estettiin laskevalla arinalla, ja tappaja ampui kuraattoria sen läpi. Sauniere indeksoi melko pitkän matkan ja kuoli. Poliisi löysi hänet alasti, makaaen selällään kädet ja jalat ojennettuna. Vatsan keskelle oli piirretty viisipisteinen tähti - pentacle. Pimeässä ruumiin vieressä näkyi violetteja kirjaimia ja numeroita. Tappaja katosi jäljettä.
Saint Sulpice -kirkon sisko Sandrine tapaa Opus Dein edustajan, joka on saapunut Pariisiin.
Yrittäessään purkaa mitä kirjoitettu, Langdon päättelee, että Sauniere kopioi Leonardo da Vincin kuuluisan maalauksen “Vitruvialainen mies” poseeraavalla tavalla.
Johtava tutkija, kapteeni Bezu Fache, välittää merkit sisältävät kuvat salaustekniikan osastolle, ja oikeudellisen poliisin salakirjoittaja Sophie Nieuve saapuu rikospaikalle. Hän ilmoittaa Langdonille, että hän on vaarassa.
Aringarosa tapaa Silasin, jolle hän kerran pelasti henkensä, ja Opettajan kanssa.
Sophie kertoo Fachelle, että numerojoukko on Fibonacci-sekvenssi. Parannuksensa jälkeen hän tapaa yksityisesti Langdonin kanssa ja kertoo hänelle olevansa ensimmäinen murhassa epäilty, joten hänen taskuunsa laitettiin erityinen seurantavalo. Kehon lähellä kirjoitettujen salaisten merkien lisäksi siellä oli kirjoitus, jonka Fache poisti: Sauniere pyysi löytämään Langdonin. Kirjoitusta ei ollut tarkoitettu poliisille, vaan hänelle, koska hän on Saunieren tyttärentytär.
Sophie jätettiin orvona neljänä. Hänen vanhempansa, isoäiti ja nuorempi veli kuoli auto-onnettomuudessa, ja isoisä kasvatti tyttöä. Kymmenen vuotta sitten palattuaan kotiin varoittamatta hän löysi isoisänsä outojen ihmisten seurassa, jotka palvovat jotakin esinettä ja suorittavat outoja rituaaleja. Sophie hajosi hänen kanssaan. Siitä lähtien he eivät ole nähneet toisiaan, vaikka isoisänsä pyysi häntä tapaamaan.
Sophien avulla Langdon onnistuu pakenemaan Louvresta. Luettuaan huolellisesti tekstin, Langdon päättelee, että tämä on sanojen ”Leonardo da Vinci Mona Lisa” anagrammi ja Fibonacci-sekvenssi on salaus.
Sophie jätetään yksin Louvreen. Hän haluaa löytää "Mona Lisa" ja selvittää, millaisen salaperäisen viestin isoisä jätti.
Silas tulee Saint-Sulpicen kirkkoon. Hän pyytää sisar Sandrinea jättämään hänet yksin rukoilemaan. Sisar Sandrine tarkkailee häntä piilossa.
Sophie tulee rikospaikalle.Langdon ei pakene, vaan palaa luokseen. Hänen mielestään hän päättelee, että kuolleen vieressä oleva kirjoitus oli salattu salaisen yhteiskunnan symbolilla, jonka Sophie oli kerran nähnyt isoisänsä kanssa. Tutkittuaan Mona Lisan maalauksen lasia, he näkevät veressä olevan kirjoituksen - yhden veljeyden perusperiaatteista.
Sophie tutkii toista Leonardo da Vinci -maalausta "Madonna luolassa". Sieltä hän löytää epätavallisen muotoisen avaimen, jonka hän kerran näki isoisänsä lapsuudessa ja jonka pitäisi avata laatikko, jolla on monia salaisuuksia. Avaimessa he näkevät osoitteen.
Louvren turvallisuusagentti pidätti Langdonin, mutta Sophie pelasti hänet.
Silas, ajatellessaan olevansa yksin kirkossa, vetää välimuistista Raamatun selvittääkseen missä kulmakivi on. Sisar Sandrine soittaa kytkettyihin veljeskunnan jäseniin ja saa selville, että he kaikki tapetaan.
Sophie ja Langdon pakenevat poliisia. Langdon puhuu Siionin veljeskunnan veljeskunnasta, jonka sinetti merkitsee avainta. Templarit luovuttivat veljeskunnalle tärkeät salaiset asiakirjat, jotka oli tuotu Jerusalemista Eurooppaan, joissa he puhuvat Pyhästä Graalista.
Löytämättä mitään, Silas tappaa sisar Sandrinen.
Aringarosa saa suuren summan Vatikaanilta.
Avaimessa ilmoitettu osoite on sveitsiläinen pankki. Sophie ja Langdon löytävät turvallisen, mutta eivät tiedä tilinumeroa. Pankkikonttorin presidentti Andre tietää, että heitä epäillään murhasta. Interpol on jo jakanut heidän kuvansa. Sophie kertoo hänelle mitä tapahtui. Heitä seurannut poliisi saapuu pankkiin. Berne suostuu auttamaan piiloutumista, hän ei tarvitse ongelmia pankissa, ja Sauniere oli hänen ystävänsä. Langdon palauttaa mieliin kuolleen ruumiin lähellä olevan kirjoituksen - tämä on tilinumero.
Kassakaapin kannessa on laatikko, jossa on Siionin Priory-symboli. Ottaen laatikon mukanaan, Berne vie pakenevat pankista huomaamatta.
Silas pahoittelee Opettajalle, että hän ei suorittanut tehtävää, mutta hän vakuuttaa hänelle: hän tietää, kenelle Sauniere välitti tiedot.
Arkun sisällä on cryptex, sylinteri, jolla on levyt. Cryptex keksi Leonardo da Vinciä, mutta Sauniere halusi veistää tällaisia asioita puusta. Ajatteltuaan Sophieta ja oppinut siitä lapsuuden aikana näkemästään riitista, Langdon päättelee, että Sauniere oli yksi korkeimmista yhteiskunnan jäsenistä, joille uskottiin salaisuus, ja krypteksi osoittaa, missä Graali sijaitsee. Siellä pitäisi olla vielä kolme henkilöä, jotka olivat salaisuuksia, ilmeisesti Sauniere tunsi jonkin verran vaaraa, jos hän halusi uskoa salaisuuden tyttärentytärlleen ja hänelle.
Kuullut radiosta, että Sophiaa ja Langdonia syytetään vielä kolmen ihmisen tappamisesta, Berne vaatii, että he antaisivat takaisin sen, minkä Sauniere hänelle valtuutti vartioimaan. Sophie ja Langdon pakenevat, jättäen Bernin yksin metsään. Langdon tajuaa, että petturi on tullut veljekseen. Hän päättää kääntyä erinomaisen tiedemiehen, Lew Teabingin puoleen, joka tutkii Graalia. Teabing on kiinnostunut Critpexistä eikä anna heitä poliisille.
Kuulluttuaan Sophiea Langdonin kanssa, Teabing näyttää heille kuvan Leonardo da Vincin viimeisestä ehtoollisesta. Jokaisella ehtoollisen 13 osallistujasta on oma kuppinsa, mutta Raamattu ja muut legendat uskovat, että Graali tuli tänne. Teabing uskoo, ettei Graali ole esine, vaan mies ja nainen, koska naisellinen symboli on alus. Tämä nainen on kuvattu kuvassa, ja hän on Mary Magdalena.
Eri asiakirjojen ja muinaisten Kuolleenmeren vieritysten mukaan Jeesuksen ja Mary Magdaleenan välillä oli romanttinen suhde, he olivat puolisoita. Verissä oleva veri on Jeesuksen lapsi, jota Maria Magdaleena on käyttänyt. Kirkko piilotti tämän tosiasian ja julisti Mary Magdaleenan portonksi, mikä ei ollut totta.
Pelastamaan lapsen Mary pakeni Ranskaan ja synnytti tyttö Saaran. Templit piilottivat Jeesuksen, Marian ja Saaran elämää koskevat asiakirjat. Pyhän Graalin haku on Mary Magdaleenan hauta.
Jeesuksen klaani kehittyi, liittyi Ranskan kuninkaan klaaniin ja perusti Pariisin.
Teabingin palvelija Remy kertoo vuokranantajalle, että poliisi etsii Langdonia ja Sophietta.Jotta Teabing ei luovuttaisi heitä viranomaisille, Langdon näyttää hänelle salauksen. Tämän näkee Silas hiipumassa ikkunansa alle. Sillä välin poliisi ajaa Teabingin taloon.
Pohdinnan jälkeen Teabing, Sophie ja Langdon päättelevät, että Sauniere välitti Sophien veljeyden salaisuuden, koska muut, jotka tunsivat hänet, tapettiin. Kirkon on lähetettävä tappaja.
Teabing tutkii kryptexiä, kun taas Langdon toisessa huoneessa tutkii arkkua. Se löytää puupalan, jossa on kirjoitus hänelle tuntemattomalla kielellä, mutta täällä Silas lyö häntä pään takaosaan. Uhanaa Sophietta ja Teabingä aseella, Silas vaatii antamaan hänelle salauksen. Teabing koputtaa häneltä aseen.
Poliisi kiirehti Teabingin taloon, mutta Teabing, Remy, Sophie ja Landox vievät Silasin ja onnistuvat pakenemaan. Langdonille ei ole selvää, kuinka Silas löysi ne.
Teabing tarjoaa jokaiselle lentää lentokoneellaan Englantiin. Kryptexistä pohdittuaan pakolaiset päättävät, että on löydettävä temppelien hauta, ja salattu sana on Sofia. Cryptexissä on toinen cryptex, sekä huomautus, jonka mukaan sinun on löydettävä paavin haudatun ritarin hauta Lontoosta ja otettava pallo sinne.
Kuultuaan uutisia, Aringarosa tajuaa, mihin hän on osallistunut Silas, ja päättää lentää Lontooseen.
Huijattuaan Englannin poliisia Teabing menee yhdessä Langdonin, Sophien, Remyn ja Silasin kanssa ritarin hautaan kirkossa, johon temppelit haudataan. Kun Teabing Sophien ja Langdonin kanssa on kirkossa, Remy, joka työskentelee Opettajana ja odottaa saavansa suuren summan, vapauttaa Silasin. Silas räjähtää kirkkoon aseella vaatien, että hänelle annettaisiin kulmakivi. Langdon uhkaa rikkoa salauksen. Sitten Remy vie aseen Teabingin temppeliin ja Langdon antaa salauksen takaisin. Remy vie Teabingin pois ja päästää irti Sophiesta Langdonin kanssa.
Teabingin talossa poliisi kohoaa. Osoittautuu, että hänen palvelijansa Remy oli kerran mukana pienissä varkauksissa. Poliisi havaitsee myös ihmisten kuuntelujärjestelmän.
Sophie raportoi poliisille Teabingin sieppauksesta. Kapteeni Fache puhuu hänen kanssaan Ranskasta. Hän pahoittelee syytöksiä ja haluaa tavata pakolaisia.
Opettaja soittaa Silasille ja pyytää Remyä tuomaan hänelle kiven Opus Dein asuinpaikkaan.
Kuninkaallisen kirjaston tutkimuskeskuksessa Sophie tapaa Langdonin kirjastonhoitaja Pamela Gettyn kanssa.
Jättäen Remyn ja siihen liittyvän Teabingin autossa, Silas saapuu asuinpaikkaan. Opettaja saapuu autoon, jota kukaan ei ole ennen nähnyt. Hän tappaa Remyn ottamalla critpexin.
Pamela tutkii asiakirjoja ja päättelee, että ritari on Isaac Newton, Siionin apostolin suuri mestari, jonka kirkko kiroi. Filosofi Alexander Pop hautasi Newtonin Westminster Abbeyyn, jonka nimi ja sana "Papa" on kirjoitettu samoin.
Silas pidätetään Opus Dein asuinpaikassa. Pidätyksen aikana hän vastustaa ja vahingoittaa vahingossa piispa Arangarosia.
Teabingistä huolissaan Sophie ja Langdon tulevat Newtonin haudoille. Piilotettu mestari näkee heidät. Sophie ja Langdon näkevät hautakivillä kirjoituksen, joka kertoo missä Teabing sijaitsee.
Ilmoitetussa paikassa he löytävät Teabingin pistoolin heitä kohti. Tämä on Opettaja, joka järjesti Saunieren, Sophien perheen ja muiden ihmisten murhan, jotta kukaan ei tietäisi Graalin salaisuutta. Teabing järjesti keskustelun Remyn ja Silasin kanssa huijaten heitä. Nyt hän haluaa ottaa salauksensa cryptexistä.
Silas vetää haavoittunutta piispaa auttamaan. Muutama kuukausi sitten Aringarosille ehdotettiin, että Opus Dei tulisi ulos Vatikaanin pidätyksestä. Kun piispa kieltäytyi, tietty opettaja kutsui hänet ja tarjoutui auttamaan etsimään pyhää jäännöstä. Piispa pahoittelee, että hän on määrännyt Silasin tottelemaan Mestaria.
Yrittäessään oivaltaa toisiaan, Teabing ja Langdon selvittävät, mitä haudalla oleva pallo tarkoittaa - omenaa. Mutta sitten poliisi pidätti Teabingin.
Silas kuolee haavoistaan.
Langdon ja Sophie saapuvat Skotlantiin kirkkoon, joka osoittaa viimeisen merkinnän kryptauksessa.Siellä he tapaavat naisen, jolla on täsmälleen sama laatikko. Nainen osoittautuu Sophien isoäitiksi, joka asuu monen vuoden ajan eri nimellä. Sophien nuorempi veli asuu isoäitinsä kanssa. Isoäiti ja veli eivät ajaneet autossa silloin, ja tapahtuneen jälkeen heidät pakotettiin piilottamaan.
Sophie on hankkinut perheen, ja Langdonin on lähdettävä. He sopivat tapaavansa pian Firenzessä.
