Borisovin hääpäivällä valtaistuimella, bojarit laskevat hänen hallituskautensa hedelmät: tukahdutettu tuho, päättyneet sotit ja sadot. He ovat hämmästyneitä siitä, kuinka kauan Godunov joutui vakuuttamaan hänet ottamaan vallan, ja vain ekskommunikaation uhka pakotti hänet tekemään niin. Boris palaa katedraalista ja aikoo vastaanottaa suurlähettiläitä. Voeikov ilmoitti voitonsa Siperian Khanista. Englannin suurlähettiläs tarjoaa morsiamen Tsarevich Fedorille; paavin nuncio - sopimus kirkkojen yhdistämisestä; Itävallan, Liettuan, Ruotsin ja Firenzen suurlähettiläät pyytävät kunnioittavasti joku apua rahalla tai joukkoilla, jotka tunnustavat omaisuutensa. Persian ja Turkin suurlähettiläät syyttävät toisiaan Iberian hyökkäämisestä, Iberian kuninkaan suurlähettiläs pyytää suojelua. Tsaari antaa jokaiselle asianmukaisen vastauksen, täynnä arvokkuutta ja voimaa, ja määrää kaikki saapuvan kuninkaanhuoneisiin (”Venäjän kansan ja tsaarin välillä ei ole este!”). Jätettyään yksin, Boris voitti ja muistaa prinssin kuoleman päättäen: silloin väistämätön hinta valtion suuruudelle. Pian sen jälkeen kun Boris odotti luostarisolussa hiuksiaan leikkaamista, Boris kuuntelee Semyon Godunovin ilmoituksia Romanoville, jotka ovat tyytymättömiä Pyhän Yrjön päivän peruuttamiseen; vastaan Vasily Shuisky, taitava ja epäluotettava palvelija, mutta luottaa vahvuuteensa, hän ei halua rangaista ketään. Irina ilmestyy, ja Boris, muistuttaen hänen vallanvaihdossaan tekemistään vapautuksista, pyytää perustelemaan häntä ja myöntämään, että Venäjän vauraus on sen totuuden arvoinen, jonka kautta hänestä tuli kuningas. Irina, hyväksyessään valtakuntansa, vaatii, että hän ei unohda syyllisyyttään ja älä anna anteeksi itselleen. He ovat omien kanssa jättäneet.
Palatsissa Boriksen, Fjodorin ja Xenian lapset kuuntelevat tarinoita kristillisestä, tanskalaisesta herttuasta, Xenian morsiasta - ankarasta lapsuudesta, paluusta oikeuteen, taisteluista Flanderissa Espanjan joukkojen kanssa, mutta kun Fedor valittaa tyhjäkäynnistään, Christian huomauttaa, että hänen asemansa, joka antaa hänelle mahdollisuuden opiskella hallintaa viisaan suvereenin alaisena, on paljon arvokkaampi. Christian kertoo kuinka hän rakasti Kseniaa suurlähettiläiden, kauppiaiden ja vankien kertomusten mukaan, jotka kunnioittivat Venäjän suuruuden mukana prinsessan kauneutta, älykkyyttä ja nöyryyttä. He alkavat puhua Borisista, ja kaikki ovat yhtä mieltä rakkaudesta tsaariin, joka unohtaa itsensä valtion kunniaksi ja hyvinvokseksi. Kaikki kolme vannovat auttaa toisiaan. Christian pyytää Borisia, joka saapui sodan sattuessa, sallimaan Venäjän joukkojen johtamisen, mutta tsaari lannistaa monien vuosien ajan ilmenneen rauhan. Lapset lähtevät, ja saapunut Semyon Godunov ilmoittaa huhun ihmeellisesti pelastetusta prinssistä Dimitristä. Kamarissaan Tsarina Maria Grigorjevna kysyi virkamieheltä Vlasjeviltä kristinuskoa ja riippumatta siitä, kuinka Juliet Vlasjev on, selittää, että oli olemassa tunne, että kuningas ei ollut hänen isänsä, ja nykyinen hallitseva vanhempi veli ei pidä hänestä. Koska hän ei antanut virkamieheltä lupausta todistaa Boriksesta, hän soittaa Dementjevnaan ja saa lisääntyneellä ärsytyksellä selville, että Ksenia istui veljensä ja sulhanensa kanssa ja tsaari suhtautui myönteisesti uusiin tapoihin. Volokhoviin saapunut tsaari valittaa, että Boris tarttui Kseniaan saksalaisten puolesta kysymättä häneltä, ja saksalaiset ilmeisesti kytkeivät prinsessan päälle. Volokhov sitoutuu jumalallistamaan, mikä on kristittyn vahvuus, ja murskaamaan se (”On sellainen juuri”). Metsässä, ryöstöleirillä Ataman Khlopko hyväksyy talonpoikien uuden täydentämisen, kirouksen Boriksen ja Pyhän Yrjön päivän lopettamisen. Ilmestyy Posadsky, joka vaatii ilman pelkoa vapauttaakseen ryöstövalvonnasta Moskovan tielle vangitsemansa kumppaninsa ja ilmoittaa todelliset uutiset Tsarevich Dimitrin ilmestymisestä. Posadsky lyö Khlopia menemään Bryanskiin ja siellä molaillessaan Tsarevichin joukkoja saadaan anteeksianto ja taistella Godunovia vastaan. Mitka ilmestyy vetämällä kahta pakenevaa munkkia, Mihail Povadinia ja Grishka Otrepjevia, jotka pyytävät liittymistä puuvillaarmeijaan. Kun Posadsky, huvitellut ryöstäjät taistelemalla Mitkan kanssa ja käskenyt rullata tynnyreitä viiniä, katoaa yhtäkkiä, käy ilmi, että hänen kanssaan käveleneet munkit eivät tiedä kuka hän on.
Boris pakotetaan myöntämään, että uuden vihollisen ilmestyminen ajoi hänet veriselle tielle. Semyon Godunov, jonka tehtävänä on selvittää, kuka piiloutuu Demetriuksen nimen taakse, sanoo, että hän ei tiennyt mitään kidutuksen kustannuksella. He etsivät pakolaisesta ihme munkkista Grishka Otrepyevista nimeämään vihollinen jollain tavalla. Boris määräsi lisäämään vakoojia ja etsimään todisteita Romanovista ja lisäksi jatkuvaan nälän vuoksi luovuttamaan kassaan kansalle käskemällä häntä olemaan kuuntelematta prinssin tarinoita. Tsarevich Fedor pyytää lähettämään hänet joukkoihin, Tsarevna Ksenia surkee Borisin muutosta ja hänen julmuuttaan; Kristitty kysyy, onko Boris varma Tsarevichin kuolemasta, ja kertoo huhut. Lapset lähtevät, kuningatar ilmestyy, täynnä kaustisuutta ja ärsytystä kristittyssä tulkittaessa lasten kanssa "kuninkaasta". Kuningas pysyy kuurona hänen vaatimuksestaan lähettää kristitty pois. Semyon Godunov raportoi pettureiden nopeasta etenemisestä, joukkojen siirtämisestä heille ja Basmanovin itsepäisestä vastarinnasta. Vasily Shuisky kutsuu Boriksen menemään itse joukkoihin tai lähettämään alaikäisen kuningattaren todistamaan poikansa kuolemasta. Pyydettyään Shuiskyn repimään kieliä huhuja levittäville Boris lähettää Dimitryn äitinsä luokse. Fedor Nikitich Romanovin talossa boyars Romanovs, Sitsky, Repnin ja Cherkassky juovat prinssille. Shuisky saapuu, raportoi Boriksen tilauksesta, hänelle kysytään etsinnästään Uglichissa, hän vastaa epämääräisesti. Semyon Godunov jousimiesten kanssa syyttäessään yleisöä haluavansa myrkyttää suvereeni myrkkyineen, ottaa kaikki pidätykseen ja varustaa Vasily Shuiskyn kuulusteluun. Boris, joka pohti yksin toteutettua ennustetta (”Tapettu, mutta elossa”), joka tuli Shuiskyn luo, käski ilmoittaa eturintamasta, että hän itse oli nähnyt tsaarin ruumiin Uglichissa. Samaan aikaan neuvonantajat ajavat Christiania kohtaan selittäen, että hänen tulisi kieltäytyä menemästä naimisiin Ksenian kanssa, että Boris on pettänyt itsensä pelolla, että Ksenia on konna tytär ja palvelija. Christian, tunteessaan lähestyvää heijastumista ja uskoen Boriksen syyllisyyteen, ei tiedä mitä päättää. Ksenia tulee, ja hän, sanoissa ja ajatuksissa sekoittuneena, puhuu väistämättömästä erottelusta ja kutsuu sitten häntä pakenemaan häntä tappajaisältä. Fyodor, joka on tullut hiljaa, seisoo isänsä puolesta, he aikovat taistella. Ksenia itkee muistuttaen toisilleen annetusta valasta. Christian raivoaa, ja pitäen häntä sairaana, Ksenia ja Fedor johtavat hänet pois.
Punaisella torilla etsivät kuuntelevat keskusteluja ihmisten välillä, jotka kävelevät Tsarevich Dimitrin vaatimuksesta (siellä julistettiin Grishkan anateema). Etsivä, tulkitseva puhetta heille sopivalla tavalla, etsivät tarttuvat melkein kaikki peräkkäin. Teloituspaikan Vasily Shuisky puhuu epäselvästä eteenpäin edeltävästä vihollisesta ja puhuu etsinnästä Uglichissa siten, että jää epäselväksi kuka murhattu lapsi oli. Noin tällä kertaa prinssin äiti toi luostarista, nyt nunna Martha, joka odottaa Borisia ja haluaa kostoa, päättää tunnustaa huijareita poikana; hän sanoo, että hän ei nähnyt kuollutta poikaansa menettäneen tunteita, ja muistomerkkitalossa kyyneleet peittivät hänen silmänsä. Nyt kuultuaan ilmestyneistä Tsarevitšin merkkeistä hän myöntää olleensa ihmeellisesti pelastettu ja elossa. Tsaari Maria Grigoryevna, joka haluaa tuomita vilpillisyyden, esittelee Volokhovin. Suru, joka tarttui Marttaan hänen poikansa murhaajan silmissä, petti hänet, mutta hän kieltäytyi myöntämästä Demetriuksen kuolemaa julkisesti. Pian lääkäri raportoi Borikselle Christianin terveydentilan heikkenemisestä ja hänen voimattomuudestaan. Semyon Godunov tuo Dimitry Ioannovichin kirjeen, jossa Boris on masentuneimmin luvatusta armosta, jos valtaistuimella luovutaan vapaaehtoisesti, ja siksi varas luottaa yleiseen tukeen. Boris vaatii tuomaan lyhytkarvaisen Kleshninin voidakseen olla varma prinssin kuolemasta. Hänen nimensä on kristitty, ja hän ilmoittaa pian Xenialle ja Fedorille kuolemastaan.
Kaksi vartijaa, jotka kantavat yövartijaa valtaistuimella, piiloutuvat pelkoon, kun uneton Boris ilmestyy. Joku kuvittelee jonkun kuvan valtaistuimella, ja löydettyään lähetysten lähettää hänet tarkistamaan kuka siellä istuu. Semyon Godunov tuo Kleshninin, joka vahvistaa Demetriuksen kuoleman, muistuttaa, että magojen ennustama Borisovin hallituskausi on päättymässä, kutsuu häntä tekemään parannuksen ja lähtemään luostariin. Aamulla Boris, saatuaan tietoja saapuneelta Basmanovilta osittaisesta voitosta "varas", kertoo Fedorille tarpeesta mennä naimisiin valtaistuimelle ja valasta, jolle bojarit tuodaan. Fedor hylkää valtaistuimen, koska hän ei ole varma, että ”varas” ei ole Demetrius. Boris tarjoaa mielellään Fedorille kiistatta todisteita Tsarevichin kuolemasta. Hän, ymmärtänyt isänsä rikoksen, kauhistuneena kieltäytyy todisteista ja ilmoittaa hyväksyvänsä kruunun. Ruokasalissa odottaessaan Basmanovia ja tsaaria, bojarit kirovat molemmat ja vaihtavat uutisia "prinssistä". Basmanov saapuu valittamatta sopimattomasta viestinnästään. Boris ilmestyy lasten kanssa. Boris palkitsee Basmanovin. Boyaarit, pannessaan merkille Xenian surun, säätelevät häntä ja pohtivat, mitä hänen kanssaan tehdä "kun hän tulee valtakuntaan". Boris vaatii uskollisuuden valaa Fedorille ja tämän valan hyväksymisen katedraalissa, menettää voiman ja putoaa. Yleisessä hämmennyksessä hän julistaa, että hänen kuolemansa syy ei ole myrkky, mutta suru, testamentti bojareille valan pitämiseksi, muistuttaa, että "vain paha syntyy pahasta", ja julistaessaan Fedorin kuninkaaksi, hän lähtee
