Romaani on todiste silminnäkijästä, joka selvisi vuonna 194 puhjenneen ruttoepidemiasta ... Oranin kaupungissa, tyypillisessä ranskalaisessa prefektuurissa Algerian rannikolla. Kertomus on tohtori Bernard Rieun puolesta, joka johti ruton vastaisia toimia tartunnan saaneessa kaupungissa.
Tähän kaupunkiin tulee rutto, josta puuttuu kasvillisuus ja joka ei tiedä linnunlaulua, odottamatta. Kaikki alkaa siitä, että kuolleita rottia ilmestyy kaduille ja taloihin. Pian tuhansia heistä on kerätty joka päivä ympäri kaupunkia. Ensimmäisenä päivänä, kun nämä synkeät katastrofin esiintyjät alkavat edes tajua kaupunkia uhkaavaa katastrofia, tohtori Rie lähettää vaimonsa, joka on jo pitkään kärsinyt jostakin vaivasta, vuoristosairaalaan. Hänen äitinsä muutti auttamaan häntä kotitöissä.
Lääkärin talossa oleva pylväs kuoli ruttoon ensimmäisenä. Kukaan kaupungissa ei vielä epäile, että kaupunki on saanut taudin ruttoon. Tapausten määrä kasvaa joka päivä. Dr. Rie tilaa Pariisista seerumin, joka auttaa sairaita, mutta ei paljon, ja pian se loppuu. Kaupungin prefektuurista käy ilmi tarve julistaa karanteeni. Oranista tulee suljettu kaupunki.
Eräänä iltana lääkäri soitetaan vanhalle potilaalleen, kaupungintalon työntekijälle nimeltä Gran, jota lääkäri kohtelee ilmaiseksi köyhyytensä vuoksi. Hänen naapurinsa Kottar yritti itsemurhaa. Syy, joka sai hänet tämän askeleen, ei ole Granille selvä, mutta myöhemmin hän kiinnittää lääkärin huomiota naapurin outoon käyttäytymiseen. Tämän tapauksen jälkeen Kottar alkaa osoittaa poikkeuksellista kohteliaisuutta kommunikoidessaan ihmisten kanssa, vaikka hän oli aikaisemmin ollut assosiaalinen. Lääkäri epäilee, että Kottarilla on saastainen omatunto, ja nyt hän yrittää ansaita toisten suosion ja rakkauden.
Gran itse on vanha, laiha fysiikka, arka, ja hänellä on vaikeuksia valita sanoja ajatuksensa ilmaisemiseksi. Kuten lääkäri myöhemmin kuitenkin tietää, monen vuoden ajan vapaa-ajallaan, hän on kirjoittanut kirjaa ja haaveilee luoda todella mestariteos. Kaikki nämä vuodet hän on kiillotanut yhtä ensimmäistä lausetta.
Epidemian alussa tohtori Rieu tapasi Ranskasta saapuneen toimittajan Raymond Rambertin ja vielä melko nuoren, urheilullisen näköisen miehen, jolla oli rauhallinen, tasainen katse harmaasilmillä nimeltään Jean Tarroux. Saavuttuaan kaupunkiin muutama viikko ennen tapahtumia, Tarru on pitänyt muistikirjaa, jossa hän tarkentaa tarkemmin Oranin asukkaita ja sitten epidemian kehitystä. Myöhemmin hänestä tulee lääkärin läheinen ystävä ja työtoveri, ja hän järjestää vapaaehtoisia lääketieteellisiä ryhmiä epidemian torjumiseksi.
Karanteenin ilmoittamishetkestä lähtien kaupungin asukkaat alkavat tuntea olevansa vankilassa. Heillä on kielletty lähettää kirjeitä, uida meressä, mennä kaupungin ulkopuolelle, aseellisten vartijoiden vartioimana. Kaupungista loppuu vähitellen ruoka, jota salakuljettajat käyttävät, esimerkiksi Kottaran kaltaiset ihmiset; ero kasvaa köyhien, pakotettujen poistamaan surkean olemassaolon, ja varakkaiden Oranin asukkaiden välillä, jotka sallivat itsensä ostaa ruokaa mustilta markkinoilta kohtuuttomin hinnoin, ruokailla kahviloissa ja ravintoloissa ja käydä viihdepaikoissa. Kukaan ei tiedä kuinka kauan tämä kauhu kestää. Ihmiset elävät yhden päivän.
Obertissa tunteensa muukalaisena Rambert on innokas vaimonsa puolesta Pariisissa. Ensin hän yrittää virallisilla keinoilla ja sitten Kottarin ja salakuljettajien avulla päästä eroon kaupungista. Toisaalta tohtori Rie työskentelee kaksikymmentä tuntia päivässä ja hoitaa sairaalahoidossa olevia potilaita. Nähdessään lääkärin ja Jean Tarren omistautumisen Ramber, kun hänellä on todellinen mahdollisuus poistua kaupungista, hylkää aikomuksensa ja vieressä Tarrin lääketieteellisiin ryhmiin.
Keskellä valtavaa määrää ihmishenkiä kulkevaa epidemiaa, ainoa kaupungin henkilö, joka on tyytyväinen asioiden tilanteeseen, on edelleen Kottar, koska epidemian avulla hän tekee omaisuutensa eikä hänen tarvitse huolehtia siitä, että poliisi muistaa hänet ja hänelle alkanut oikeudenkäynti jatkuu.
Monet ihmiset, jotka ovat palanneet erityisistä karanteenilaitoksista ja menettäneet rakkaansa, menettävät mielensä ja polttavat kotinsa toivoen tällä tavoin pysäyttävän epidemian leviämisen. Marauderit kiirehtivät tuleen välinpitämättömien omistajien silmien edessä ja ryöstävät kaiken, mitä he voivat kantaa itsensä.
Aluksi hautajaistoiminnot suoritetaan kaikkien sääntöjen mukaisesti. Epidemia on kuitenkin saamassa sellaisia mittasuhteita, että pian kuolleiden ruumiit on heitettävä ojaan, hautausmaa ei voi enää hyväksyä kaikkia kuolleita. Sitten heidän ruumiinsa alkaa viedä pois kaupungista, missä ne poltetaan. Rutto on ollut rehottavaa keväästä lähtien. Lokakuussa tohtori Castell luo seerumin Oraniin itse viruksesta, joka halusi kaupungin, koska tämä virus eroaa hiukan perinteisestä versiostaan. Klooniseen kattoon lisätään myös ajan myötä, ja keuhkokatto.
He päättävät kokeilla seerumia toivottomalla potilaalla, tutkijan Otonin pojalla. Tohtori Rie ja hänen ystävänsä tarkkailevat lapsen tuskaa useita tunteja peräkkäin. Häntä ei voi pelastaa. Heillä on vaikea käydä läpi tämä kuolema, syntisen olennon kuolema. Talven alkaessa, tammikuun alussa, tapaukset, joissa potilaat toipuvat yhä useammin, alkavat kuitenkin toistua, kuten esimerkiksi Gran-hoidon yhteydessä tapahtuu. Ajan myötä käy ilmi, että rutto alkaa irrottaa kynsensä ja vapauttaa uhrit aseistaan. Epidemia on vähentymässä.
Kaupungin asukkaat näkevät tämän tapahtuman aluksi kiistanalaisimmalla tavalla. Iloisesta jännityksestä heittää ne synkkyyteen. He eivät vielä usko pelastukseensa täysin. Cottar on tänä aikana tiiviissä vuorovaikutuksessa tohtori Rien ja Tarrun kanssa, joiden kanssa hän käy avoimia keskusteluja siitä, että epidemian päätyttyä ihmiset kääntävät selkänsä hänelle, Cottaralle. Tarrun päiväkirjassa viimeiset rivit, jotka ovat jo luettavissa käsinkirjoituksella, on omistettu hänelle. Yhtäkkiä Tarru sairastuu, molemmat rutot samanaikaisesti. Lääkäri ei pysty pelastamaan ystäväänsä.
Erään helmikuun aamuna kaupunki, joka lopulta julistettiin avoimeksi, iloitsee ja juhlii kauhean ajanjakson loppua. Monet kuitenkin kokevat, että he eivät koskaan tule olemaan samanlaisia. Rutto toi heidän luonteensa uuden piirteen - tietyn irtaantumisen.
Eräänä päivänä Graniin suuntautuva tohtori Rie näkee Cottarin ampuvan ohikulkijoita ikkunastaan hulluudessa. Poliisilla tuskin onnistuu hävittämään häntä. Gran kuitenkin jatkaa kirjan kirjoittamista, jonka käsikirjoitus käskettiin polttamaan sairaudensa aikana.
Kotiin palattava tohtori Rie saa sähkön, joka kertoo vaimonsa kuolemasta. Hänellä on suurta tuskaa, mutta hän tajuaa, ettei hänen kärsimyksessään ole tahattomuutta. Sama jatkuva kipu kiusasi häntä viime kuukausien ajan. Kuunnellessaan kadulta tulevia iloisia huutoja hän ajattelee, että kaikki ilot ovat vaakalaudalla. Rutto-mikrobi ei koskaan kuole, se kykenee uppoutumaan vuosikymmenien ajan, ja sitten voi tulla päivä, jolloin rutto herättää rotat uudelleen ja lähettää heidät soimaan onnellisen kaupungin kaduille.
