Ivan Petrovich Shuiskyn talossa, monien papistien ja joidenkin velhojen läsnä ollessa, he päättävät erottaa Fyodor Ioannovichin Tsarinan, Godunovan siskon, kanssa, jonka ansiosta Borisia pidetään kaikissa tapauksissa. He muodostavat paperin, jossa he muistavat kuningattaren hedelmättömyyden ja Demetriuksen lapsenkengän, pyytäen kuninkaata tekemään uuden avioliiton. Golovin vihjaa Shuiskylle mahdollisuudesta asettaa Demetrius Fedorin tilalle, mutta saa perän vastustuksen. Prinsessa Mstislavskaya kuljettaa vieraita ympäri, juo Fedorin terveyttä. Shakhovsky, Mstislavskayan sulhasen, ottelua tekevä Volokhov kutsuu salaisen kokouksen paikkaan. Ivan Petrovitš lähettää vetoomuksen pääkaupunkiseudulle valittaen tarpeesta tuhota kuningatar. Hänen Butlerinsa Fedyuk Starkov raportoi mitä Godunov on nähnyt. Saatuaan Uglichilta tietoja Golovinin suhteista Nagimiin ja nähden uhan hänen valtaansa, hän ilmoittaa kannattajilleen Lup-Kleshninille ja prinssi Tureninille päätöksestään sovittaa Shuiskyn kanssa. Fjodor saapuu valittaen turmeltuneesta hevosesta. Kuningatar Irina ilmestyy, jonka Fedor ilkeästi ilmoittaa kauneudesta Mstislavskajasta, jonka hän näki kirkossa, ja vakuuttaa heti kuningattaren kanssa, että hän on kauniimpi hänelle kuin kaikki muut. Godunov puhuu halusta sopia Shuiskyn kanssa, ja tsaari ottaa mielellään asian eteen.
Fedor ilmoittaa aikovansa sovittaa Godunovin Shuiskyn kanssa ja pyytää apua pääkaupunkiseudulta Dionysiukselta ja muilta papistoilta. Dionysius syyttää Godunovia kirkon sortamisesta, harhaoppisuudesta harhaoppisille ja verojen kantamisen jatkamisesta, josta kirkko vapautettiin. Godunov antaa hänelle suojakirjeet ja raportit harjoitetun harhaoppaan kohdistuvasta vainosta. Kuningas pyytää tukea Irinalta ja boyareilta. Ivan Petrovich Shuisky tulee suositun innostumisen mukana. Fedor valittaa häntä siitä, ettei hän käy duumassa, Shuiskyä lannistaa mahdollisuus antaa suostumustaan Godunoviin. Fjodor muistaa kirjoitukset ja kutsua pappeja todistajiksi puhuen sovinnon eduista, ja hänelle kuuliainen Godunov tarjoaa suhuiskisen suostumuksen. Shuisky moitti häntä siitä, ettei hän halunnut jakaa valtion hallintaa, jonka John valtasi viiteen bojariin: Zakharyin (kuollut), Mstislavsky (voimakkaasti jauhettu), Belsky (pakoon), Godunov ja Shuisky. Godunov perustelee itseään puhuessaan Shuiskyn ylimielisyydestä, että hän käytti yksinomaista valtaa Venäjän hyväksi, jonka myös todistaa; hän lisää, että vaikea tehtävä turhautuneen valtion järjestämisestä oli vain Shuysky. Ja kun Ivan Petrovitš kutsuu kannattajaansa metropoliittiseksi, hän raportoi Godunovin toiminnasta kirkon hyväksi ja vakuuttaa Shuiskyn rauhaan. Irina, osoittaessaan kirjoitettuaan kansiansa Pihkovan pyhäkkölle, myöntää, että tämä on hänen rukousluvansa Shuiskyn pelastamiseksi, jonka liettualaiset piirittivät kerran Pihkovassa. Innostunut Shuisky on valmis unohtamaan vanhan vihamielisyytensä, mutta vaatii Godunovin turvallisuustakuita työtovereilleen. Godunov vannoo ja suudella ristiä. He kutsuvat valitut joukosta, jonka Shuisky toi esiin. Fjodor puhuu vanhan miehen kanssa eikä osaa estää häntä. Veljenpojasta hän tunnustaa kauppias Krasilnikovin, joka häntä hiljattain huvitti karhutaisteluissa, ja muistaa veljensä Golubin, joka kukisti Shakhovskin nyrkissä - Godunov ja Shuisky eivät onnistuneet heti palauttamaan tsaaria siihen, mihin valittajia kutsuttiin. . Shuisky ilmoittaa sovinnosta Godunovin kanssa, kauppiaat ovat huolissaan (”Sinä sovitat päätämme”), Shuiskyä ärsyttää epäluottamus henkilöstä, joka on juuri vannonut ristillä. Kauppiaat pyytävät suojaa kuninkaalta Godunovalta, mutta hän lähettää heidät Borikselle. Boris käski hiljaa kirjoittaa kauppiaiden nimet.
Yöllä Shuisky-prinsessa Mstislavskajan ja Vasilisa Volokhovan puutarhassa odottavat Šakovskya. Hän tulee, puhuu rakkaudesta, kärsimättömyydestä, jolla häät odottavat, nauraa hänelle ja vitsailee hänen kanssaan. Krasilnikov tulee juoksemaan, päästämällä sisään, Shakhovsky piiloutuu, vaatii Ivan Petrovitšia ja ilmoittaa, että kaikki, jotka olivat tsaarin kanssa, vangittiin Godunovin käskystä. Järkyttynyt Shuisky käskee Moskovan nousemaan Godunovin luo. Hän oli vihjannut Dimitri Golovinin äkillistä murtautumista ja sanonut, että Boris oli huijannut itsensä harhaan, hän meni tsaarin luo. Sillä välin jäljellä olevat bojarit keskustelevat vetoomuksesta etsimään uutta kuningatara. Vasily Shuisky soittaa prinsessa Mstislavskayaksi. Hänen veljensä ei päättänyt heti, koska hän halusi löytää ainakin syyn riitaan Šakovskin kanssa. Golovin kirjoittaa epäröinään prinsessan nimen vetoomukseksi. Shakhovskaya ilmestyy ilmoittaen, että hän ei luopu morsiamena. Prinsessa ja Volokhova löytyvät myös. Shakhovskaya tarttuu yleiseen itkuun, molemminpuolisiin uhkiin ja moitteisiin, hän tarttuu kirjeeseen ja karkaa. Godunov esittelee tsaarivaltion papereita, joiden sisältöön hän ei tutki, mutta on yhtä mieltä Borisin päätöksistä. Tsarina Irina puhuu Dowager-kuningatar Uglichin kirjeestä, jossa pyydettiin palata Dimitrin kanssa Moskovaan. Fjodor uskoi tapauksen Borikselle, mutta Irina vaati häneltä "perheen suhteen" ratkaisua; Fedor kiistelee Boriksen kanssa ja on ärsytetty hänen sitkeydestään. Shuisky tulee, valittaa Godunovista. Hän ei avaa, selittäen, että kauppiaita ei otettu menneisyyden vuoksi, vaan yrittämällä järkyttää maailmaa hänen ja Shuiskyn välillä. Tsaari on valmis antamaan anteeksi Godunoville uskoen, että he eivät yksinkertaisesti ymmärtäneet toisiaan, mutta säälimätön vaatimus poistua prinssistä Uglichista on vihdoin tsaaria vihainen. Godunov sanoo antavansa tien Shuiskylle, Fedor kehottaa häntä jäämään, tsaarin käytöksen haavoittunut Shuisky lähtee. Kleshnin tuo Golovin Nagimin Uglichista lähettämän kirjeen, Godunov näyttää sen tsaarille, jossa vaaditaan Shuiskyä pidätettäväksi ja mahdollisesti teloitettavaksi. Epäonnistumisen tapauksessa hän uhkaa poistua. Pitkän epäröinnin jälkeen järkyttynyt Fedor kieltäytyi antamasta palveluja.
Ivan Petrovich Shuisky lohduttaa prinsessa Mstislavskajaa: hän ei anna hänen mennä naimisiin tsaarin kanssa ja toivoo, että Shakhovskaya ei ilmoita heille. Prinsessalle lähettämällä hän hyväksyy bojarit ja pakolaiset Krasilnikovin ja kyyhkysen, ja olettaen köyhdytetyn Fedorin poistumisen ja Demetriuksen vangitsemisen määrittelee kaikkien tehtävät. Kotona istuva vieraantunut Godunov kysyy Kleshniniltä Volokhovaa ja toistaa useita kertoja ", jotta hän huoraa prinssin". Kleshnin lähettää Volokhovin uudelle äidille UGLICHille, käskee häntä suojelemaan ja vihjaa, että jos paddy-kärsivä prinssi tappaa itsensä, he eivät kysy häntä. Samaan aikaan Fedor ei pysty selvittämään hänelle esitettyjä asiakirjoja. Kleshnin saapuu ja ilmoittaa, että Boris sairastui turhautumisesta, ja Shuisky on heti vankilassa aikomuksestaan nostaa Demetrius valtaistuimelle. Fedor ei usko. Sisään tulee Shuisky, jolle Fedor puhuu irtisanomisesta ja pyytää häntä perustelemaan itsensä. Prinssi kieltäytyy, kuningas vaatii, Kleshnin työntää. Shuisky tunnustaa kapinansa. Fjodor, peloissaan siitä, että Godunov rangaistaan Shuiskyä maanpetoksesta, julistaa, että hän itse käski laittaa prinssin valtaistuimelle ja pakottaa järkyttyneen Shuiskyn huoneesta. Shakhovskaya räjähtää kuninkaallisiin jaostoihin ja pyytää palauttamaan morsiamen hänen luokseen. Nähdessään Ivan Petrovich Shuiskyn allekirjoituksen Fedor itkee eikä kuuntele Irinan väitteitä paperin järjettömyydestä. Suojaakseen Irinaa loukkauksilta, hän allekirjoittaa Borisovin käskyn kauhistuttaen sekä häntä että Shakhovskya. Joen yli olevalla sillalla vanha mies mellakoi ihmisiä Shuiskyn puolesta, husaari laulaa voimansa ympärille. Lähettäjä ratsastaa tatarien edistymisen uutisien kanssa. Prinssi Turenin jousimiesten kanssa johtaa Shuiskyn vankilaan. Ihmiset, joita vanha mies ajaa alas, haluavat vapauttaa Shuiskyn, mutta hän puhuu syyllisyydestään "pyhän" kuninkaan edessä ja siitä, että he ansaitsevat rangaistuksen.
Kleshnin ilmoittaa Godunoville, että shuiiskit ja heidän kannattajansa ovat vangittuna, ja esittelee Vasilija Ivanovitš Šuiskyn. Hän kääntää asian ikään kuin hän olisi aloittanut vetoomuksen Godunovin hyväksi. Ymmärtääkseen, että Shuisky on hänen käsissään, Godunov antaa hänen mennä. Tsarina Irina tulee haastamaan Ivan Petrovitš. Godunov, kun tajuaa, että Shuisky ei lopeta kiistelyä hänen kanssaan, on uskomaton. Katedraalin edessä sijaitsevalla aukiolla kerjäläiset puhuvat muutoksesta pääkaupunkiseudulle, joka on Jumalan vastalauseen, Shuiskyn takana seisovien kauppiaiden teloituksesta. Tsarina Irina johtaa Mstislavskajaa pyytämään Shuiskyä. Fedor tulee ulos katedraalista palvellut tsaari Ivanin rekvivaalia. Prinsessa ryntää jaloilleen. Fedor lähettää prinssi Tureninin Shuiskylle. Mutta Turenin kertoi, että Shuisky kuristi itsensä yöllä, syytti itseään unohtaakseen (koska hän löi Shakhovskyn vankilaan tuoman väkijoukon ja taputti vain ampumalla Šakovskya). Fedor kiirehti Tureniniin syyttäen häntä Shuiskyn tappamisesta ja uhkaa häntä teloituksella. Viestinviejä tuo Uglichilta kirjeen prinssin kuolemasta. Järkyttynyt kuningas haluaa selvittää totuuden itse. Tulee viesti Khanin lähestymistavasta ja Moskovan varhaisesta piirityksestä. Godunov tarjoaa lähettää Kleshninin ja Vasily Shuiskyn, ja Fedor luottaa Godunovin viattomuuteen. Prinsessa Mstislavskaya kertoo aikovansa leikata hiuksensa. Fyodor aikoo siirtää koko hallituksen taakan Borikselle vaimonsa neuvoksi ja muistaa aikomuksensa "sopia kaikesta, tasoittaa kaikki", surra kohtaloaan ja kuninkaallista velvollisuuttaan.